1944年春，英国纽卡斯尔大学教授雷立克，美国地质地理学家葛德石，英国皇家学会会员、剑桥大学生物化学教授李约瑟博士等先后来校考察和学术访问，称赞“厦门大学为加尔各答以东最好的大学”。当时的国民政府教育部称之为“东南最高学府”、“国内最完备大学之一”。 大夏大学建校27年，培养学生近20,000名，毕业生6,000余人。 20世纪40年代末，大夏大学部分教员及学生南下香港，在香港复校，定名光夏书院。1956年6月，光夏、平正、华侨、广侨及文化五所书院合并成立“联合书院”，定址香港坚道147号。1963年，联合书院加盟香港中文大学[26]。
1937年12月至1945年07月，厦大内迁福建省西部的长汀办学，办学条件艰苦，但成就巨大。学校延聘许多优秀学者，在校生达到了1044人,学系从9个发展到15个。厦大学生一方面积极参加抗日救国运动，组织成立“国立厦门大学学生救国服务团”等团体；另一方面勤勉学习，发奋攻读，务期求得真正学问。
私立厦门大学于1937年07月01日正式被南京国民政府接管，改名为国立厦门大学。07月06日，教育部任命清华教授萨本栋博士为厦大校长。抗日战争全面爆发后，厦大生物大楼被摧毁，于是迁校的计划被提上议程。9月4日，厦大借闽西职业学校在临时办公处继续办公，并在鼓浪屿借得英华中学和毓德女校的部分校舍，但鼓浪屿还是处于战火严重威胁下，所以萨校长多方考虑，与省主席陈仪商定将厦大迁往长汀。萨校长委派教务长兼文学院院长、语言学家周辨明博士去福建内地选址。周博士的父亲周之德牧师（福建惠安人）自1892年始即在长汀传播基督教，遂选定长汀为厦大内迁的校址。省政府拨给的迁校经费只有5000元。
厦门大学于1937年12月20日停课，准备迁移。全校师生从24日起分批出发，至1938年1月12日人员安全抵达。校本部和大礼堂设在县城的文庙。
1938年迁汀后，共计学生239名，教职员83人，其中教授18人，副教授4人，讲师8人 ，助教14人。当时厦大规模甚小，是国立大学中得到中央政府迁校经费最少的，但萨校长实行质重于量的办学方针，取得了优异的办学成绩。到1940年，学校发展为4学院13系，学生发展到600余人。教育部于1940年举办了第一届全国专科以上学校学业竞试，厦门大学取得最好成绩，获得团体第一名 ，第二届竞试蝉联第一。
1941年厦大51名教授中，有47名来自清华大学。在1943年联合国论文竞赛中，也获得第一名。厦大刚来到长汀的时候，学校只有3院8系，分别是文学院、商学院、理学院，学生为284名，教师83名。到1944年，全校发展为4学院15系，在校学生已有800余人。1945年抗战胜利时，全校发展为4院15系，教授、副教授94人，学生达到1044人。内迁长汀这段历史，使厦大赢得了“南方之强”的声誉。
1945年，按照教育复员计划，战后全国应有国立大学二十九所，对于少数国立大学，要求最高理想之达成。其中第一类国立大学共十所，分别是：东区：中央大学（49年更名南京大学[25])，交通大学，同济大学，浙江大学；南区：国立中山大学（华南理工大学），厦门大学；北区：北京大学，清华大学；西区：重庆大学；中区：武汉大学。
1951年5月，厦大、西北工学院、北洋大学三校的航空系并入清华大学，设立清华大学航空学院。
1952年学校成为文理综合性大学。1952年全国院系大调整，厦门大学与南京大学、浙江大学、武汉大学和中山大学并称为中国高校的“五大母校”。厦大海洋系师生转入山东大学组建山东大学海洋系；厦大的电机、土木、机械三个系各一部分并入浙江大学；厦大工学院的机械和电机两系参与组建南京工学院，即东南大学；厦大水利专业参与组建华东水利学院，即河海大学；厦大俄语专业合并入南京大学外文系，俄语专业学生同时转入；厦大土木系、建筑系先后并入同济大学。1953年厦大企业管理系被调整到上海财经学院，即上海财经大学。
1953年厦门大学的法律系并入华东政法学院,现更名为华东政法大学。1957年，北京大学、南京大学、山东大学、厦门大学、中山大学国内十余所高校共同创建内蒙古大学。大连海运学院由东北航海学院、上海航务学院、福建航海专科学校合并而成，而福建航海专科学校即为从厦大分出的航务专科。
1952年全国院系大调整后，使得福建省理工科人才奇缺，所以当时福建省委书记叶飞就决定，保护仅存的厦大理工科师资，就决定建立福州大学。将厦门大学的大部分理科全都转到福州大学。叶飞一面指挥战斗，一面组织筹建大学，还多次亲赴数家大学的一些名教授家，请他们来福大工作，著名科学家卢嘉锡就是在他的力邀下，出山担任了福大副校长。
1958年，福建省委、省政府决定创办福州大学。张孤梅为福州大学第一任党委书记。当时在厦门大学工作,后曾经担任全国人大常委会副委员长,中国科学院院士卢嘉锡教授，受命来到福州大学，担任福州大学副校长，在创建福州大学的同时，亲手创办了福州大学化学化工系。
后来，为了支持福州大学的发展，卢嘉锡带领厦门大学的全国院系被调整后剩下的理科中的再一半迁往福大。 福州大学数学系创办于1958年10月，原名数学力学系，是福州大学创建初期最早设立的五个系之一。当时开设数学、计算数学和力学三个专业，教师队伍主要由厦门大学数学系的计算数学、力学和微分方程等专业的教师搬迁而来。1962年调整合并为一个专业──数学专业。 福建的理工科还有一定实力，就是老辈福建省领导努力的结果。
福州大学、中科院福建物构所：1960年，为筹办福州大学与物质结构研究所，卢嘉锡院士赴榕任职，化学一所和化学系一大批教师随之迁往福州；1960年，从厦门大学物理系调出林星等数十名教师组建福州大学物理系。厦门大学的整个电子物理专业及其电子管试制车间也同时转入福州大学物理系。厦大物理系参与组建福州大学物理系，技术物理一组、电子物理组及其电子管试制车间（相当于厦大物理系的2/3)同时转入福州大学物理系；数学系的计算数学、应用数学、概率论与数理统计（相当于厦大数学系的3/4）转入福州大学。也就是说，为了创立福州大学，厦大分出了全国院系被调整后剩下的理科的再一半。
1963年厦门大学被确定为国家重点大学。
1972年厦门大学水产相关系调出成为厦门水产学院，1979年调往上海，后发展为上海海洋大学
1986年厦门大学试办研究生院。
1995年厦门大学列入国家“211工程”重点建设高校。
1996年教育部首批批准厦大建立研究生院。
2001年厦门大学列入国家“985工程”重点建设高校。
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