1961年9月，上海海运学院筹建工作初步完成，遂脱离上海海运局，由交通部直接领导，为交通部部属重点院校，党委由中共上海市委领导。建校初期设海洋船舶驾驶、轮机管理、船舶机械、港口机械等专业，并附设专业基本相同的中专部和一所普通中学。
1962年，交通部决定对所属院校进行专业调整，先后将上海海运学院海洋运输类专业调整到大连海运学院，将机械工程类专业调整到武汉水运工程学院，同时将该两校的管理和经济类专业调入上海海运学院。又在上海海运学院院陆续创办了远洋运输业务、交通财务会计、英语、法语等专业。
1966年，转变成为交通部所属以水运经济管理为主要专业的交通部重点高等院校。
1972年，先后恢复海洋运输类各专业。2000年，实行交通部和上海市双重领导、以交通部为主的领导体制，学院内部实行党委领导下的院长负责制和院系两级管理体制。
2004年，经教育部批准，上海海运学院更名为上海海事大学。同年11月19日，临港新城新校建设破土动工。
2008年10月，上海海事大学临港新城新校基本建成。校园占地面积133万余平方米，总建筑面积60万平方米，绿化率52%，水域面积8万平方米。
2009年，中国高等航海教育和上海海事大学迎来她们的百年华诞，历经百年的中国高等航海教育发轫于上海。同年9月23日，吴淞商船专科学校200余名校友齐聚上海海事大学新校区，隆重纪念中国高等航海教育之源——吴淞商船专科学校建校100周年。会后举行了吴淞商船专科学校建校100周年纪念碑揭幕仪式。该纪念碑象征着吴淞商船专科学校的百年历程。
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