根据国税发〔2009〕91号的规定，纳税人应在满足清算条件或收到清算通知书之日起90日内，到主管税务机关办理清算申报手续。主管税务机关受理纳税人清算资料后，应在一定期限内及时组织清算审核。土地增值税清算审核结束，主管税务机关应当将审核结果书面通知纳税人，并确定办理补、退税期限。 按该清算规程的规定，企业在收到税务局的审核结论后，才有结清土地增值税税款的义务。或者说，企业需要交纳的土地增值税的金额并不是以企业自行申报为主，而是要经过税务机关的审核确定。那么对清算申报后主管税务机关通过审核查补的税款，是否应该就申报期届满之次日加收滞纳金呢？该问题涉及到土地增值税清算到底是以纳税人自行申报为主还是以税务机关审核为主。武汉地税局曾以武地税发〔2013〕30号明确：“对清算申报后主管税务机关通过审核查补的税款，应自申报期届满之次日起加收滞纳金。”但其他很多地方并未要求审核查补的税款加收滞纳金。
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