2013年年底中央电视台连续三次报道开发商拖欠巨额土地增值税，言辞中夹杂着对国家税务总局征管不力的指责。一石激起千层浪，引发了人们对土地增值税的大讨论。在媒体的监督下，国家税务总局于2014年加大了各地土地增值税的征管力度。但由于土地增值税立法的先天不足，实务中，土地增值税的清算争议最大、矛盾最为突出。笔者作为实务工作者，将土地增值税清算中税企争议的焦点问题整理如下，以供大家参详。
一、清算单位的确定
由于房地产开发企业开发周期长、销售房屋频繁，每次转让房屋均进行土地增值税纳税申报不具有可操作性，所以，财政部制定的《土地增值税暂行条例实施细则》第十六条开创了预征—清算制度，即“纳税人在项目全部竣工前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。”由此可见，房地产开发企业土地增值税清算应该针对的是房地产开发项目。国税发【2006】187号规定：“土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。”何为“分期开发的项目”，由于国家税务总局从未发文明确，实务中引发了众多争议。在各省的土地增值税清算中，有的地方以“工程规划许可证”作为分期的标准，例如辽宁、安徽、宁波、重庆、厦门、湖北、海南；有的以“销售许可证”作为分期的标准，例如深圳；有的以税务局审核后的企业会计核算对象作为分期的标准，例如大连；还有的并未发文明确。清算单位的不确定使得纳税人无所适从。
二、清算条件中“完成销售”和“已转让”的界定
国税发【2009】091号第九条规定：“纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税的清算。 ……（一）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；……” 该文件第十条规定：“对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。 ……（一）已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；……”何为“完成销售”和“已转让”？国家税务总局的文件并没有明确规定。如，某开发商开发楼盘中1号楼全部签订预售合同，但尚未交房，其是否属于“完成销售”或“已转让”？再如，已经签订预售合同且已经交房，但尚未办理产权证是否属于“完成销售”或“已转让”？概念的不明晰，是税企就企业是否已达到清算条件而发生争议的重要原因。
三、成本对象的分类
国税发【2009】091号规定：“清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算；对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。” 根据上述规定， 同一清算单位存在不同类型的房地产时，应分别计算增值额。实务中，同一清算单位内划分成几种成本对象，对土地增值税的计算影响巨大。例如某楼盘清算单位内有普通标准住宅，其增值额是-2亿元；豪华别墅，其增值额是+1亿元；商铺，其增值额是+1亿元。如果将该清算单位内的开发产品划分为三种成本对象，则其土地增值税计算时的增值额为+2亿元；如果将该清算单位内的开发产品划分为普通标准住宅和非普通标准住宅两个成本对象，则其土地增值税计算时的增值额为+2亿元；如果将该清算单位内的开发产品划分为住宅和非住宅两个成本对象，则其土地增值税计算时的增值额为+1亿元。对该问题国家税务总局没有明确的规定，各个省份的划分种类缺乏统一性。有的地方分为两类，如辽宁、宁夏、浙江、西安、安徽、江西等，有的地方则划分为三类，例如江苏、重庆、河南、广西、福建、湖北等，而宁波则划分为四类。
四、普通标准住宅是否可以与非普通标准住宅合并计算？
根据《土地增值税暂行条例》的规定，普通标准住宅的增值率未超过20%，可享受免税待遇。在实务中，由于某些地产项目中普通标准住宅是负增值，而非普通标准住宅是正增值，此时企业会提出放弃普通标准住宅的免税待遇，要求将两者合并计算增值额。现天津和安徽出台文件允许合并，而大多数省份不允许合并计算。不同房产类型是否应当强制分开清算? 这是实务中税企争议另一个焦点。
五、普通标准住宅的认定条件
国办发〔2005〕26号将享受税收优惠的普通住宅的条件界定为：建筑容积率在1.0以上、单套建筑面积在120平方米以下、实际成交价格低于同级别土地上住房平均交易价格1.2倍以下，并授权各省、自治区、直辖市对单套建筑面积和价格标准适当浮动，但向上浮动的比例不得超过上述标准的20%。在各省出台的普通标准住宅的认定条件上，存在争议较大的是面积标准和价格标准。
1、面积标准
各省根据实际情况出台的单套建筑面积标准有120平方米、140平方米和144平方米。但单套建筑面积是以单栋楼为单位计算的每套平均面积还是每套房屋建筑面积为单位。例如河北省曾出台文件，以单栋楼为单位，平均单套建筑面积在140平方米（含140平方米）以下，而北京则是以每套房屋建筑面积计算。
2、价格标准
在各省规定的普通住宅条件中均有价格标准，但是由于很多城市的房产局没有公布同级别土地上住房平均交易价格，导致在土地增值税清算过程中价格标准条件常形同虚设，甚至引发税企争议。例如合肥市房产局曾在2005年公布合肥市望江街地段普通住房可享受税收政策优惠的价格标准3400元，该市某开发商2007年销售该地段房屋，销售均价约4000元。税务局以2005年标准认定该开发产品不属于普通标准住宅，不应享受免税待遇，但企业提出由于合肥市房产局在2007年并未公布价格标准,所以应适用企业从网上自行收集整理的价格标准。该税企税款争议金额达2000万元之多。
六、公寓是否属于普通标准住宅？
在我国，公寓大致可以分为三类：普通公寓、商务公寓、酒店式公寓。普通公寓的用地性质为住宅用地，使用权为70年，对该类公寓争议较少，一般认定为住宅，如符合普通标准住宅的认定条件，可以享受优惠待遇。实务中争议较大的是商务公寓和酒店式公寓。这两种公寓既可以用于办公又可以用于居住，在划分成本对象类型时，应认定为住宅还是非住宅呢？有的税务局依据商务公寓或酒店式公寓的用地性质进行区分，如果建在使用权为40年的商业用地上则认定为非住宅。但有的商务公寓或酒店式公寓的用地性质属于商住混合用地，使用权为50年，且产权类型登记为公寓。
七、财政返还款的处理
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