各地政府为了招商引资常对区域内拿地的开发商给予一定的财政奖励，即在开发商依法纳税后将地方留成部分按比例给予财政返还。另外，实务中也常常出现开发商拿地前政府已经承诺土地最低价格，在招拍挂拿地时超出政府承诺最低价格部分会以财政返还方式将开发商缴纳的土地出让金给予返还。对这些财政返还如何进行税务处理呢？土地增值税清算时，由于土地成本和开发成本不仅可以据实扣除，而且还可以加计20%扣除，所以房地产开发企业更希望政府的财政返还可以作为收入处理，不用冲减成本。但税务局却要求企业冲减成本，而不是作为收入。由此引发税企争议。
八、甲供材问题
甲供材就是甲供材料，所谓“甲供材料”建筑工程，是指由基本建设单位提供原材料，施工单位仅提供建筑劳务的工程。这是土地增值税清算时税企争议的频发地带。例如甲开发商采购甲供材60万元，工程承包给乙建筑公司，工程款40万元。根据《营业税暂行条例》的规定，乙建筑公司虽然只收到40万元工程款，却需要将60万元甲供材计入营业额缴纳营业税。在实务中，可能会出现两种偷税现象：第一种，乙建筑公司只就40万元计算缴纳营业税，为甲公司开具40万元的建安发票，甲公司凭60万元材料的增值税发票和40万元的建安营业税发票入开发成本科目。该种情况下乙公司少交了营业税；第二种，乙公司就100万元全额缴纳营业税，为甲公司开具100万元建安发票。此时甲公司已经有100万元的建安发票，可能会在采购材料时不索要60万元材料的增值税发票，导致材料供应商少交增值税。由于以票控税的征管模式在甲供材领域出现了征管盲区，所以在实务中经常出现基层税务局要求房地产开发企业对甲供材缴纳营业税后，必须取得建安发票才能在土地增值税清算中扣除，由此引发税企争议。
九、红线外支出
“红线外支出”是指在房地产开发企业项目建设用地边界外，即国家有关部门审批的项目规划外承建设施发生支出。房企发生红线外支出可能有两种情况：一种是红线外为政府建设公共设施或其他工程是招拍挂拿地时的附带条件，该种情况下，红线外支出相当于土地成本的一部分；另一种是开发商为了提升红线内楼盘的品质，在红线外自行建造建筑物或基础设施。实务中各地对“红线外支出”的处理五花八门，例如江苏规定：“项目规划范围之外的，其开发成本、费用一律不予扣除。”；而湖北的文件则区分红线外支出是否与项目存在直接关联，如果存在计入成本；如果不能提供证据证明存在直接联系，如为了开发商提升环境品质，则不得计入本项目扣除金额。
十、人防车位面积是可售面积还是不可售面积？
由于人防车位的法律权属尚存争议，所以在土地增值税清算时，人防车位的扣除成为税企最富争议的问题之一。土地增值税清算实务中对人防车位的争议主要存在于人防车位的面积是作为可售面积还是不可售面积。有的地方，例如北京、江苏、青岛、湖南等，要求企业提供证据证明人防车位是否属于移交全体业主或者移交人防部门，如果未移交，则作为可售面积，如果移交则作为公共配套，计入不可售面积。有的地方则允许企业将人防车位直接处理为不可售面积。
十一、变相销售地下车位是否应确认土地增值税清算收入？
无产权车位包括两种：一种是人防车位，一种是非人防无产权车位。实务中开发商对无产权车位可能采取变相销售的方式，例如有的开发商与业主签订一次性车位转让使用权合同，或者是与业主签订车位租赁合同，租期为二十年，二十年之后的使用权赠送等方式变相销售车位。对该种变相销售的地下车位取得的收入是否作为土地增值税清算的收入？由于中央没有明确的规定，实务中态度分成截然不同的两种，一种是实质重于形式，将无产权地下车位的变相销售收入确认为土地增值税清算收入，同时允许成本扣除，例如河南、湖北、青岛、天津、浙江、湖南；一种是形式重于实质，将无产权地下车位的变相销售收入不确认为土地增值税清算收入，同时不允许成本扣除，例如辽宁、新疆、北京、西安等。与无产权车位类似的问题还有销售小产权房是否征收土地增值税。
十二、成本分摊方法的选择
国税发【2006】187号规定：“属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。” 国税发【2009】91号规定：“纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用。”上述规定对土地增值税清算时公共成本的分摊方法给予了选择的空间,只要是合理的方法企业都可以采用。成本分摊方法有占地面积法、建筑面积法、层高系数法、预算成本法等。但在实务中，基层税务局为了防止企业通过自由选择分摊方法操纵避税空间，常对企业成本分摊方法的选择给予限制。如某开发商采用占地面积法分摊土地成本，但税务局只允许用建筑面积法分摊，税企争议金额有5000万元。现对成本分摊方法给予限制的地方有天津、宁波、青岛、江苏、海南、浙江、大连等。有的地方规定同一清算单位内成本分摊只能采用建筑面积法，例如大连、浙江、海南，有的地方允许建安成本采取层高系数法分摊，例如福州、湖南。各地规定不一而足、五花八门。
十三、清算后又发生成本是否允许二次清算？
企业达到清算条件并进行土地增值税清算后，继续支付并取得合法、有效凭证的支出，此时是否允许企业申请对曾经清算过的项目进行重新清算呢？现北京、湖北、广西、大连、青岛允许二次清算，而浙江则规定将清算后发生的成本计入清算后再转让的房地产中扣除。类似的问题还有清算后取得已清算项目的合法扣除凭证，以及清算后实际支付的公共配套设施费是否允许二次清算。
十四、分立是否征收土地增值税？
《土地增值税暂行条例》第二条规定:“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应依照本条例缴纳土地增值税。”根据上述规定，土地增值税征税的前提条件是“转让房地产”并“取得收入”。企业分立导致的房地产权属转移是否属于“转让房地产”且“取得收入”呢？分立是《公司法》上的组织变更行为，不同于一般的房地产交易。分立除涉及转移营业部门财产的物权与债权行为外，还可能涉及到组织设立行为。此外分立的实行，还会发生财产承受与股东地位取得的效果，带有浓厚的组织法色彩。由于国家税务总局未发文明确，各地对分立是否属于土地增值税的征税范围执行口径出现较大的差异。例如青岛地税局在青地税函〔2009〕47号中规定：“房地产开发企业依照法律规定、合同约定分设为两个或两个以上的企业，对派生方、新设方承受原企业房地产的，不征收土地增值税。” 海南地税局在琼地税函[2010]265号中规定：“根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第二条规定，海南华润石梅湾湾旅游开发有限公司存续分立分割土地的行为，不属于‘有偿转让房地产’范围，因此，不征收土地使增值税。”以上两个地方明确分立不属于土地增值税的征税范围。而新疆地税局公告2014年第1号则规定：“在公司分立中，公司依照法律规定、合同约定分立为两个或两个以上与原公司投资主体相同的公司，对派生方和新设方承受原公司房地产的，不征收土地增值税。投资主体相同是指分立后各公司投资人名称和出资比例均不发生改变。凡改变上述两项内容的，均属于投资主体发生改变。……对于分立或合并后的公司为房地产开发企业（或从事房地产开发）的不适用上述规定。”根据上述文件，新疆地税将分立不征土地增值税限定为投资主体相同且分立后的企业为非房地产开发企业。其他省份未出台分立土地增值税的税收政策，但实践中有某企业因股东僵局进行分立，被税务局征收1.3亿元土地增值税的案例。
十五、新设合并是否征收土地增值税？
(责任编辑：威展小王)
